A lo largo del virreinato, San Francisco fue el convento de conventos. Su presencia fue símbolo de victoria: con su orden se selló el triunfo y fue el inverso de la Noche Triste.

Templo y Convento de San Francisco

Sus intrépidos monjes lograron fundirse entre los indígenas, evangelizarlos, latinizarlos e incluso recopilar la historia de sus costumbres. Por ello, desde muy temprano, el clero secular rivalizó con la orden, al grado de que hacia 1570 les fue recortado todo suministro para educar a los indígenas que gobernarían sus propios pueblos. Con donativos de Hernán Cortés, fray Pedro de Gante fundó en 1525 la primera iglesia franciscana, San José de los Naturales, en terrenos antes ocupados por una de las casas de animales de Moctezuma. En dicha iglesia se celebraron el Primer Concilio Mexicano, el primer Auto de fe del Santo Oficio, las primeras confirmaciones y los funerales de Carlos V. Una vez construida la iglesia principal, San José fue renombrada Capilla de los Servitas y, no obstante que Felipe II le concedió el rango de iglesia catedral, acompañó a las otras cuatro capillas que rodeaban al templo principal.

La superficie y misiones del convento rebasaban cualquier expectativa. En contra de las opiniones del clero secular, los hermanos terceros de la Orden de San Francisco construyeron un hospital, un cementerio y un panteón en el que atendía no sólo a sus cofrades, sino también a los indigentes. Oponiéndose a objeciones arzobispales, obtuvieron el permiso para acoger a los pobres en 1750, así como la bendición de la iglesia añadida al hospital. La secularización y las envidias comenzaron a tomar forma hacia mediados del siglo XIX. En 1856 se anunció que en el atrio del convento se tramaba una conspiración, por lo que el presidente Comonfort hizo un doble anuncio en septiembre: que se abriría una calle desde el Callejón de Dolores hasta San Juan de Letrán y que el convento quedaría suprimido. Así comenzó la demolición de la enfermería, las celdas, la huerta y el monasterio, hasta que cuatro años después, en diciembre, las Leyes de Reforma suprimieron las órdenes conventuales y aquella magna obra barroca quedó convertida en ruinas. Se abrió la calle de Gante y el atrio fue ocupado por un circo y caballerizas, en tanto que el templo fue dejado para el culto protestante. De los treinta mil metros cuadrados que ocupó, sólo quedaron pistas: el templo mayor con la capilla de Balvanera (dieciochesca)—, hoy día abiertos al culto católico—, la arcada del claustro principal dentro del templo metodista; los restos de las capillas de San Antonio y del Calvario y los restos del atrio y el muro de la biblioteca.”

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